Diferentemente de um museu tradicional o Ecomuseu da Amazônia é um museu aberto que vivencia o cotidiano das comunidades do território amazônico, demonstrando o acervo natural e cultural de uma região.

Tem suas bases assentadas na participação popular para a construção de um projeto de desenvolvimento humano sustentável que garanta a integração de todos e que seja representativo das necessidades e interesses das comunidades envolvidas, a partir da valorização dos “saberes e fazeres” e da memória coletiva, referencial básico para o entendimento e a transformação da realidade presente na região. Busca também desenvolver programas de preservação e recuperação dos patrimônios naturais e culturais na Amazônia, visando a emancipação, auto-sustentação e a melhoria da qualidade de vida dos indivíduos e comunidades envolvidas, a partir da gestão participativa e da valorização da memória coletiva.

O Ecomuseu é um novo contexto de museologia, é um museu mutável, onde todos estão inseridos e fazem parte como acervos, é um museu que valoriza a cultura, a memória histórica de um povo como suas tradições e vivências, valoriza o meio em que vivemos e propõe transpor o processo de reconhecimento e para a valorização do patrimônio material e imaterial das comunidades.

A partir das pretensões dos atores envolvidos as propostas vão sendo construídas com base nas necessidades de cada área de atuação do projeto, visando sempre, proporcionar uma melhor qualidade de vida e o desenvolvimento sócio econômico e ambiental comunitário.

Como forma de gerenciamento das ações, a fim de chegar aos objetivos propostos, a estrutura do Ecomuseu da Amazônia baseia-se em eixos temáticos.

• EIXO CULTURA: Considerando que a cultura pode ser entendida como “Um sistema de significados, através de valores compartilhados, e suas formas simbólicas (apresentações, artefatos…) nas quais eles se expressam ou se incorporam” (Peter Burke). As ações diagnosticadas e planejadas a partir do Programa de Capacitação para o eixo cultura preconizam o desenvolvimento estratégico e sistemático a partir da integração técnico-artesanal voltada à geração de renda e consequentemente qualidade de vida das comunidades envolvidas no processo. Tem por objetivo promover a integração entre conhecimento técnico-científico e conhecimento empírico de maneira que a comunidade de posse desse saber possa geri-lo (Programa de Capacitação) em benefício próprio, preservando seu patrimônio, gerando renda, bem como, qualidade de vida. A proposta caracteriza-se também como um processo participativo e de integração comunitária visando a qualificação das ações já em andamento com a finalidade de proporcionar resultados que se adequem as necessidades museológicas (museu território).
  
  
• EIXO MEIO AMBIENTE: O eixo meio ambiente é um dos quatro eixos que compõem a estrutura e metodologia de trabalho do Ecomuseu da Amazônia, tem como premissa a educação ambiental como instrumento de conservação e preservação da natureza, valorizando os saberes e fazeres da comunidade preservando as tradições e cultura local. Dentre os projetos que já foram desenvolvidos no eixo meio ambiente, temos: Aquicultura Sustentável de várzea, que visava o aproveitamento das áreas de várzea da região insular do Município de Belém para o cultivo e manejo de peixes e camarões amazônicos, e o Projeto Sustentabilidade e Segurança Alimentar que tinha como objetivo fomentar a geração de trabalho, renda e alimentação diminuindo a insegurança alimentar nas comunidades atendidas pelo Ecomuseu, desenvolvidas na comunidade Curuperé em Caratateua.
  
  
• EIXO TURISMO DE BASE COMUNITÁRIA: O eixo Turismo de Base Comunitária tem por missão promover atividades relacionadas ao turismo sustentável de base comunitária nas áreas de abrangência do Ecomuseu da Amazônia envolvendo a educação não formal através de ações teóricas e práticas dos princípios turísticos vinculados à educação patrimonial, valorização da identidade e prestação de serviços de qualidade, aplicados ao contexto das comunidades envolvidas. Permitindo assim, à formação participativa das comunidades em prol do desenvolvimento local aplicado a prática sustentável. Dentre os projetos desenvolvidos pelo eixo turismo de base comunitária, está o Roteiro Patrimonial de Visitação, nas comunidades de Pedra Branca/Seringal e Poção/ Fazendinha da Ilha de Cotijuba.
  
  
• EIXO CIDADANIA: Por se tratar de um eixo síntese, seu foco tem como objetivo questões relevantes a participação social, vinculadas muitas vezes a projetos, eventos e programações que possibilitam a qualidade de vida das comunidades atendidas pelo programa. O eixo esta incluído de certa forma em todos os outros eixos como: cultura, meio ambiente e turismo de base comunitária. Propondo – se a ser um mediador nas articulações e nas iniciativas diante do processo de envolvimento com a comunidade, facilitando a valorização dos saberes e fazeres, como também atuando na capacitação, orientação, divulgação e comercialização da produção no mercado.